Sus aplicaciones son diversas y uno de ellas es en la investigación agropecuaria, donde se hacen modelos de simulación de procesos agroclimáticos, bases de conocimiento, sistemas basados en el conocimiento, modelos de producción de cultivos, etc.

Además a nivel empresarial, la agromatica desarrolla aplicaciones que integran el control de procesos agropecuarios con las aplicaciones tradicionales financieras-contables, añadiendo el valor de incluir la semántica (signifcado) agronómica a la administración.

Una de las aplicaciones agromáticas más populares son los Sistemas de Información Geográficos (SIG) aplicados a la Agricultura de precisión y que con frecuencia se piensa que es a lo que se limita la agromática, pero eso es solo una parte pequeña de sus aplicaciones.

A nivel social, la agromática permite desarrollar aplicaciones mediadas para los productores y extensioneitas, que forma comunidades de práctica y redes sociales para el intercambio de conocimiento, siendo PLATICAR una de las más avanzadas.

El uso de las Tecnologías de Informcación y Comunicación (TIC), en el contexto de la agricultura es otra de las aplicaciones de la agromática, incluyendo boletines SMS y lista SMS.

Finalmente, en la educación y cierre de la brecha digital, el enfoque de la agromática ha demostrado ser instrumental ya que por las características de los participantes entre las que se incluye la baja escolaridad y le fenómeno de la exclusión se requiere una aproximación diferenciada a la de la informática tradoicoional.

Asi como la agromática tiene sus aplicaciones especiales se ha ido desarrollando otras áreas multidisciplinaarias derivadas de la informática como la biomática, la geomática, la computación médica, etc. que tienen su propia perspectiva y aplicaciones específicas.